Berdasarkan SK Menteri Pertanian No. 65/Permentan /OT.140/10/2011, tanggal 12 Oktober 2011, secara struktural Balittri merupakan unit pelaksana teknis (UPT) penelitian eselon IIIA di bawah Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Kementerian Pertanian. Dalam melaksanakan tugasnya, Balittri dipimpin oleh seorang Kepala Balai, dan dibantu oleh 2 orang pejabat struktural eselon IVA, yaitu Kepala Subbagian Tata Usaha dan Kepala Seksi Pelayanan Teknis dan Jasa Penelitian. Dalam pelaksanaan penelitian, Kepala Balai dibantu oleh fungsional peneliti, yang terdiri dari tiga kelompok peneliti (kelti), yaitu kelti plasma nutfah, pemuliaan, dan bioteknologi; kelti ekofisiologi dan teknologi benih; serta kelti proteksi tanaman.

Berikut adalah susunan organisasi Balittri :