Balai Penelitian Tanaman Industri dan Penyegar mempunyai tugas melaksanakan penelitian tanaman industri dan penyegar (karet, kakao, kemiri sayur, kopi, kola, iles-iles, teh, tamarin, makadamia, melinjo, jarak pagar, kemiri sunan, dan penelitian bahan bakar minyak nabati (biofuel)). Dalam melaksanakan tugasnya, Balittri menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. Pelaksanaan penelitian genetika, pemuliaan, perbenihan, dan pemanfaatan plasma nutfah tanaman industri dan penyegar;
2. Pelaksanaan penelitian morfologi, ekofisiologi, entomologi dan fitopatologi tanaman industri dan penyegar;
3. Pelaksanaan penelitian komponen teknologi sistem dan usaha agribisnis tanaman industri dan penyegar;
4. Pelaksanaan penelitian penanganan hasil tanaman industri dan penyegar;
5. Pemberian pelayanan teknis penelitian tanaman industri dan penyegar;
6. Penyiapan kerjasama, informasi, dokumentasi, serta penyebarluasan dan pendayagunaan hasil penelitian tanaman industri dan penyegar;
7. Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga.